非同一控制下企业合并的合并成本与合并中取得的被合并方可辨认净资产公允价值份额的差额应确认为：

非同一控制下企业合并的差额确认为商誉，选项B正确。选项A适用于同一控制下合并的净资产调整，属于易错项。